環保地源熱泵在運行過程中出現些許故障是在所難免的，只要沒有電源故障，室內側泵的工作，加熱管道的水一直處于流動狀態，不會使室內風機盤管或溫暖凍結，室外埋地系統不會冷凍，環保地源熱泵主機廠商如果是一家負責任的公司，將在兩小時內趕到現場處理。 小型配件可以在那時更換，一個小故障可以解決，如壓縮機等主要部件的故障概率等于0（主機停止運行，板式換熱器由制冷壓縮機壓縮機造成的故障 ，這種情況較多）。

設備的使用故障一直是困惱眾多專業人士的難題，這些問題不僅反映出設備的不足，同時還能影響設備的價值。通過以上對地源熱泵常見故障的分析中，我們可以發現，地源熱泵使用故障不僅受到自身先天不足的影響，甚至整個國民經濟都有關系，也許這些問題會隨著科技的進步得到改善。

目前地源熱泵的技術存在的最大不足是“土壤熱不平衡”的問題。南方地區以供冷為主，常年向地下注入熱量；而北方地區冬季供暖需求大，從土壤中大量吸熱，長年運行后將導致土壤溫度失衡，影響周圍生態。夏熱冬冷地區的夏季供冷量往往大于冬季供熱量，多出的熱量可通過冷卻塔散去，也可通過余熱回收系統，用于供應生活熱水，從一定程度上緩解土壤熱不平衡的問題。

地源熱泵應用會受到不同地區、不同用戶及國家能源政策、燃料價格的影響；一次性投資及運行費用會隨著用戶的不同而有所不同；采用地下水的利用方式，會受到當地地下水資源的制約；打井埋管受場地限制比較大，必須有足夠的面積用于打井和埋管；設計及運行中對全年冷熱平衡有較大要求，要做到夏季往地下排放的熱量與冬季從地下取用的熱量大體平衡。