樁埋管系統在設計上與其他埋管形式的地源熱泵并沒有太大區別，但有需要特別注意之處。首先，一旦樁的尺寸和長度確定，則用于埋管的樁的數量也已確定，也就是說，不能以冷熱負荷的增加而增加樁的數量。當樁埋管所提供的冷熱負荷不能滿足所需要求時，應優先考慮其他形式的埋管，或增加冷卻塔和鍋爐等其他輔助措施。在系統設計時，也要考慮到地源熱泵地下換熱器的熱平衡問題。針對冷熱負荷差距較大的情況，可選取較小的負荷值作為確定埋管長度的依據，對于相對較大的負荷，則可以選擇輔助措施加以解決。

和其他形式的熱泵系統一樣。土壤的地熱特性同樣重要。需要測得土壤的組成成分，土壤溫度，熱導率，熱容量，水質特性和水流方向及速度，這些參數對于整個系統的優化有著重要的意義。由于樁與樁之間有一定的距離，樁基間的影響可以忽略。對于冬季和夏季工況下，單樁的換熱量即機組在一個制熱。冷季運行小時數和一個制熱（冷）的小時數比；

地源熱泵換熱管應當盡量采用同程式連接，以保證管段的水利平衡，而且一旦某個樁段的管段出現問題，不致影響整個系統的正常運行。不僅擋土樁和承重樁能夠埋管，承臺上連接各個樁換熱器的水平管路也有很好的換熱效果，水平管路的布置要盡量清晰。